日本能源经济研究所2009年的估算则更为悲观，燃料电池车行使1公里排放的二氧化碳为168克，与汽油车（170克）持平。估算结果会因汽车的行驶距离等发生变动。
燃料电池车最有可能减少二氧化碳排放量的情况是，通过利用可再生能源获得的电力生产氢气。据日本汽车研究所的估算，如果是光伏发电，二氧化碳排放量仅为14克，不到以天然气生产氢气的5分之1，也是汽油车的10分之1，将迅速接近名副其实的“终极环保车”。
日本经济产业省下属的氢与燃料电池战略协议会在《氢与燃料电池战略发展蓝图》中描绘的前景是，首先大力扩大氢气的利用，到2040年前后确立基于可再生能源的氢气供给体制。但预计目前燃料电池车的环境负荷仍然难以消除。
另一方面，日本环境省2015年度将投入26亿日元，验证利用可再生能源生产氢气、再到行驶排放的二氧化碳的减少可能性。日本环境相望月义夫表示：“希望尽早实现低碳的氢社会”。
新一代汽车的主角是？
新一代汽车的主角是燃料电池还是纯电动车？据日本汽车研究所的估算，2012年度燃料电池车的二氧化碳排放量为77克，与燃料电池车处在相同水平，但如果采用太阳能，将降至1克，低于燃料电池车。纯电动车完胜。
对于这些对燃料电池车的批评，丰田专务董事吉姆·兰姿（Jim Lentz）反驳称，“纯电动车并非能行驶较长距离的汽车”。纯电动车即使快速充电，也需要20～30分钟，而续航距离仅为200公里左右。但燃料电池车加氢只需3分钟，可行驶650公里。如果仅从汽车的行驶性能来看，差距的确一目了然。
胜负的关键或许是欧美推进的环保规定。美国加利福尼亚州将强化ZEV（零排放车辆）限制，要求汽车厂商销售一定比例完全不排放温室气体的汽车。而欧洲也将出现同样趋势。仅以混合动力车难以应对，各大车企正在踩下开发“终极环保车”的油门。
